東北地理所在大豆基因組解析上取得新進展
中國科學院東北地理與農業生態研究所馮獻忠研究員課題組聯合菲沙基因等單位選擇1份東北野生大豆、7份我國代表性栽培種，結合平均50×的三代測序和Hi-C測序，完成組裝了高質量大豆參考基因組。組裝的8個大豆基因組大小范圍為986.1-1001.3Mb，Contig N50=1.4-6.1Mb，BUSCO完整性評估為96.7%-97.3%；結合同源注釋、從頭注釋、轉錄組輔助注釋，在8個大豆中注釋得到57286-58392個基因。
圖1. 8個測序大豆品種
基于8個高質量的大豆基因組，研究團隊鑒定到了186-427萬個SNP，44-92萬個InDel，11750-25330個大的InDel，706–3006個易位事件，200–413個倒位事件。在野生大豆中鑒定到60個栽培大豆中缺失或變短的基因，以及野生大豆種質缺失或變短但在栽培中存在的185個基因。
圖2. 8個測序大豆品種基因組差異比較
本研究以 “Eight soybean reference genome resources from varying latitudes and agronomic traits” 為標題在Scientific Data 上發表，為大豆結構變異與遺傳育種研究提供了新的參考基因組。此研究受到了國家科技部國家重點研發項目、中國科學院重點研究項目及泰山學者項目專項基金等項目的資助。
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吉公網安備22017302000214號
